La Zona Arqueológica Caral cuenta con una estructura organizativa que promueve la gestión eficiente del patrimonio cultural. Está liderada por la Dirección Ejecutiva, que coordina oficinas y direcciones especializadas en administración, asesoría jurídica, planeamiento, investigación, conservación y relaciones comunitarias, garantizando la preservación y difusión del legado de la Civilización Caral.