La metodología empleada en las excavaciones consiste en sectorizar los asentamientos arqueológicos a partir de criterios funcionales y espaciales, diferenciándose entre edificios públicos, conjuntos y unidades residenciales, y áreas de almacenamiento y procesamiento de alimentos. Se han utilizado letras mayúsculas (A, B, C…) para distinguir los sectores, y a su vez, se agregó números arábigos para señalar a los subsectores (1, 2, 3…). Posteriormente, se realizan cuadriculaciones de los sectores y subsectores, orientadas al norte y al este, utilizando coordenadas UTM con referencia al sistema WGS84.

Las intervenciones se desarrollan mediante excavación en área abierta y estratificada, respetando los contornos naturales de los estratos culturales y naturales. El registro de la secuencia estratigráfica se realiza mediante el Diagrama o Matriz de Harris, lo que permite documentar de manera sistemática la superposición y relación entre los distintos contextos arqueológicos.

Durante el proceso de excavación, se realiza un registro documental detallado, que incluye fichas de campo, levantamiento de planos arquitectónicos y arqueológicos, registro fotográfico sistemático y documentación gráfica de los contextos y elementos arqueológicos descubiertos.

Durante las excavaciones se emplean cernidores de distintos tamaños (1 mm, 2 mm y 5 mm de apertura) para la recuperación de materiales arqueológicos como flora, fauna, restos humanos, líticas y de cestería, así como muestras destinadas a fechados radiocarbónicos, sedimentos, pisos, morteros, entre otros, las cuales permiten realizar posteriores estudios arqueológicos y arqueométricos.